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最高質量的基因組，如今在一天內獲得, 產生無可比擬的HiSeq數據質量；

Hiseq 2000是Illumina公司2010年推出的一款新的高通量測序儀，測序通量可達600Gb/run，一次運行可獨立測試16個樣品（或混合樣本）。憑借Illumina久經考驗且廣泛采用的可逆終止法邊合成邊測序試劑，再加上創新的制造工藝，HiSeq 2000實現了行業最高的測序產量和最快的數據產生速率 。

HiSeq 2000的測序原理和Genome Analyzer相同，采用穩定的可逆終止法邊合成邊測序技術。該技術使用4種含有末端阻斷基團和不同熒光信號的堿基進行模板互補鏈的合成，不僅確保了測序的高精確性和高順序性，而且排除了由重復序列和同聚物導致的測序錯誤。在光學系統和制造工藝方面，HiSeq 2000在Genome Analyzer的基礎上進行了全面改進和提升。光學系統采用2個激光源對Flowcell進行掃描，并使用4臺照相機對4種堿基分別進行記錄，大幅度減少了不同堿基之間的信號干擾，提高了測序系統的準確度。同時，HiSeq 2000使用了新穎的雙表面成像技術，增加了Flowcell的有效面積，從而提高測序產量和降低成本